Otok Žirje je jedini trajno naseljeni pučinski otok među šibenskim otocima. Žirje je smješteno 22 kilometra jugozapadno od Šibenika na dodiru s nacionalnim parkom Kornati, površine je 15,08 km2, duljine 12 kilometara i ukupne duljine obale 41,8 km. u srednjem dijelu je plodno polje veliko 108 hektara (od ukupno 1508 hektara koliko ima čitav otok). Na otoku postoji osam prirodnih spilja i jama. Najviši je vrh Kapić (131 m) na kojem je očuvan kružni bedem prethistorijskog zbježišta. Na brdu Vela glava koji dominira Samogradskim vratima, južnim ulazom u Kornatsko otočje, je postavljen vidikovac s identificiranim točkama u okolici. Pretpostavlja se da je otoku ime nadjenuto po nekoć gustim šumama mediteranskog hrasta s plodovima žira. Pretpovijesni lokaliteti su Kapić i Straža (Štacijun). Antički lokalitet je villa rustica na položaju Šandrikov mul u uvali Stupica. Zbog položaja otok je od davnina imao ulogu predstraže pa je bizantski car Justinijan u 6. stoljeću podignuo kasnoantičke utvrde Gradinu (nad uvalom Stupica) i Gusternu. Na otoku je zabilježeno 485 biljnih vrsta i na obalama Žirja još 253 morskih alga. Od njih se osobito ističe šest vrsta orhideja npr. Limodorum abortivum (L.), te mnoge ljekovite i aromatične biljke. Prevladava makija koja je služila za ispašu, a značajno je i prisutstvo borovih šuma te sitne divljači. Od poljoprivrednih kultura uzgajaju se maslina, vinova loza, smokva, pet sorti šljiva i bademi uglavnom u plodnom polju smještenom u unutrašnjosti otoka, ali i u suhozidima koji su jedan od najslikovitijih pejsažnih motiva. Aktualan je i projekt spašavanja zelene slive (sitni ringlo, vrhunska konzumna vrsta), a akvatorij otoka poznat je po povijesnim lovištima koralja i po brojnim lovištima ribe. Žirje ima 29 uvala, a u veće i naseljene ubrajaju se: Muna, Koromašnja, Mikavica, Tratinska i Pečenja. Uvala Stupica, kako govori i sam naziv je opasna za sidrenje po jugu, tako da se uvala mora napustiti plovilom i pri prvim naznakama nadolazećeg juga. Razvedenu obalu dodatno krasi sedamnaest okolnih otočića, grebena i hridi.